Yayasan

Lembaga ini didirikan pada tahun 1984. Pada awalnya alasan pendirian yayasan dimaksudkan untuk memenuhi persyaratan mendirikan sekolah tinggi. Tetapi akhirnya tugasnya diperluas mengelola pendidikan dasar dan menengah. Selain itu, Yayasan Annuqayah memiliki unit usaha pertokoan, industri rumah tangga, tambak, pertanian dan perkebunan, yang menjadi aset dan sumber penghasilan yayasan.

Struktur kepengurusan Yayasan Annuqayah terdiri dari Dewan Pembina yang beranggotakan kiai sepuh, Dewan Pengawas, dan Pengurus Harian dengan dibantu sekretariat dan bidang-bidang. Sejak tahun 2006 ini, Yayasan tidak lagi mengelola aktivitas pendidikan di lingkungan Annuqayah, tetapi lebih fokus menangani pengelolaan aset dan usaha yang diarahkan sebagai sumber dana atau pembiayaan aktivitas pesantren.